In Bega ist eine Kirche als Steinbau vermutlich Ende des 13. Jahrhunderts errichtet worden, an der Stelle eines Vorgängerbaus aus Holz. Bis zum Jahre 1317 umfasste das Kirchspiel das obere Begatal und seine Randgebiete. Nachdem Barntrup selbständige Kirchengemeinde wurde, erstreckte sich die Kirchengemeinde Bega auf das westliche Begatal: neben Bega auf die Gemeinden Humfeld, Selbeck, Sommersell und Wendlinghausen. Heute umfasst die Kirchengemeinde die Dörentruper Ortsteile Bega und Humfeld.
Mitte des 19. Jahrhunderts wurde die mittelalterliche Kirche zu klein. Darüber hinaus hatten sich zunehmend Bauschäden eingestellt. Deshalb setzte sich der damalige Pfarrer Karl Mörs (1818-1910) im Jahre 1862 beim Konsistorium in Detmold für einen neuen Kirchenbau ein. Die Kirchenältesten stimmten zu. Der lippische Landesherr Leopold III. stiftete das Bauholz.
Das alte Kirchengebäude wurde im April 1863 abgerissen und an seiner Stelle ein Neubau errichtet. Die feierliche Einweihung fand am 1. Dezember 1864 statt. Der Entwurf der Kirche stammte von dem Detmolder Baurat Ferdinand Merckel.
Bei den Ausschachtungsarbeiten zum neuen Kirchenbau war man in vier Metern Tiefe auf eine Anzahl von Särgen aus ausgehöhlten Baumstämmen gestoßen. Diese sog. Totenbäume stammten aus dem frühen Mittelalter. Im moorigen Boden der Bega-Niederung waren die Särge konserviert worden.
Der Turm der alten Kirche war erhalten geblieben. Nach einem Blitzeinschlag im April 1890 brannte er ab und wurde 1891 neu errichtet.
In den Jahren 1958 fanden Restaurierungs- und Renovierungsarbeiten statt, die zu zahlreichen Umbauten im Innenraum der Kirche führten. 1995 wurde eine grundlegende Renovierungsmaßnahme durchgeführt. Der erste Pfarrhausbau in der Nachbarschaft der Kirche erfolgte vermutlich im 16. Jahrhundert. In den darauf folgenden zwei Jahrhunderten fanden mehrfach Abriss- und Neubaumaßnahmen statt. Nach Plänen des Baumeisters Ferdinand Merckel wurde in den Jahren 1856 bis 1858 ein neues Pfarrhaus erbaut. Etwa 100 Jahre später, 1952/53, folgte ein weiterer Neubau, mit Gemeindesaal, Jugendräumen und einer Wohnung für die damalige Gemeindeschwester.