Die heutige Hillentruper Kirche hat mehrere Vorgängerbauten. Das früheste Kirchengebäude ist im 12./13. Jahrhundert entstanden. Die erste urkundliche Erwähnung eines Pfarrers stammt aus dem Jahre 1300.

Anfang des 15. Jahrhunderts wurde die Kirche durch einen Brand zerstört. Dabei blieb das Behältnis mit den Hostien erhalten.

Mitte des 15. Jahrhunderts wurde die Kirche neu erbaut. Sie wurde zum Zentrum einer Wallfahrt, in dessen Zentrum die nicht zerstörten Hostien standen. Die Wallfahrt verband Lemgo und Hillentrup. Sie endete mit der Durchsetzung der Reformation im 16. Jahrhundert.

Im späten 19. Jahrhundert erschien die spätmittelalterliche Kirche als zu eng und zu klein. Der damalige Pfarrer Georg Deppe (1857-1915) setzte sich engagiert für den Abriss der alten und die Errichtung einer neuen Kirche ein. Im Jahre 1899 wurde die spätmittelalterliche Kirche abgerissen. An ihrer Stelle wurde eine neue Kirche errichtet, die am 29. März 1900 feierlich eingeweiht wurde.

Von der Ausstattung der spätmittelalterlichen Kirche sind nur der Taufstein aus dem 15. Jahrhundert, der im Garten vor dem alten Pfarrhaus vergraben war und bei der Renovierung 1995 wiederentdeckt wurde, das spätgotische Sakramentshaus sowie ein Kelch aus Silber aus dem 15. Jahrhundert erhalten geblieben. Im Jahre 2000 feierte die Kirchengemeinde Hillentrup ein Doppeljubiläum: 700 Jahre Kirchengemeinde Hillentrup und 100 Jahre Einweihung der Kirche Hillentrup. Sie erinnerte damit sowohl an die erste urkundliche Erwähnung eines Pfarrers im Jahre 1300 als auch an die feierliche Einweihung der neu erbauten Kirche im Jahre 1900. Zum Jubiläum ist eine umfangreiche Festschrift („Mitten im Dorf“) erschienen, in der die Geschichte der Kirchengemeinde Hillentrup ausführlich dargestellt wird.