Anfang des 15. Jahrhunderts wurde die Kirche durch einen Brand zerstört. Dabei blieb das Behältnis mit den Hostien erhalten.

Mitte des 15. Jahrhunderts wurde die Kirche neu erbaut. Sie wurde zum Zentrum einer Wallfahrt, in dessen Zentrum die nicht zerstörten Hostien standen. Die Wallfahrt verband Lemgo und Hillentrup. Sie endete mit der Durchsetzung der Reformation im 16. Jahrhundert.

Im späten 19. Jahrhundert erschien die spätmittelalterliche Kirche als zu eng und zu klein. Der damalige Pfarrer Georg Deppe (1857-1915) setzte sich engagiert für den Abriss der alten und die Errichtung einer neuen Kirche ein. Im Jahre 1899 wurde die spätmittelalterliche Kirche abgerissen. An ihrer Stelle wurde eine neue Kirche errichtet, die am 29. März 1900 feierlich eingeweiht wurde.

Von der Ausstattung der spätmittelalterlichen Kirche sind nur der Taufstein aus dem 15. Jahrhundert, der im Garten vor dem alten Pfarrhaus vergraben war und bei der Renovierung 1995 wiederentdeckt wurde, das spätgotische Sakramentshaus sowie ein Kelch aus Silber aus dem 15. Jahrhundert erhalten geblieben. Im Jahre 2000 feierte die Kirchengemeinde Hillentrup ein Doppeljubiläum: 700 Jahre Kirchengemeinde Hillentrup und 100 Jahre Einweihung der Kirche Hillentrup. Sie erinnerte damit sowohl an die erste urkundliche Erwähnung eines Pfarrers im Jahre 1300 als auch an die feierliche Einweihung der neu erbauten Kirche im Jahre 1900. Zum Jubiläum ist eine umfangreiche Festschrift („Mitten im Dorf“) erschienen, in der die Geschichte der Kirchengemeinde Hillentrup ausführlich dargestellt wird.

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Mitte des 19. Jahrhunderts wurde die mittelalterliche Kirche zu klein. Darüber hinaus hatten sich zunehmend Bauschäden eingestellt. Deshalb setzte sich der damalige Pfarrer Karl Mörs (1818-1910) im Jahre 1862 beim Konsistorium in Detmold für einen neuen Kirchenbau ein. Die Kirchenältesten stimmten zu. Der lippische Landesherr Leopold III. stiftete das Bauholz.

Das alte Kirchengebäude wurde im April 1863 abgerissen und an seiner Stelle ein Neubau errichtet. Die feierliche Einweihung fand am 1. Dezember 1864 statt. Der Entwurf der Kirche stammte von dem Detmolder Baurat Ferdinand Merckel.

Bei den Ausschachtungsarbeiten zum neuen Kirchenbau war man in vier Metern Tiefe auf eine Anzahl von Särgen aus ausgehöhlten Baumstämmen gestoßen. Diese sog. Totenbäume stammten aus dem frühen Mittelalter. Im moorigen Boden der Bega-Niederung waren die Särge konserviert worden.

Der Turm der alten Kirche war erhalten geblieben. Nach einem Blitzeinschlag im April 1890 brannte er ab und wurde 1891 neu errichtet.

In den Jahren 1958 fanden Restaurierungs- und Renovierungsarbeiten statt, die zu zahlreichen Umbauten im Innenraum der Kirche führten. 1995 wurde eine grundlegende Renovierungsmaßnahme durchgeführt. Der erste Pfarrhausbau in der Nachbarschaft der Kirche erfolgte vermutlich im 16. Jahrhundert. In den darauf folgenden zwei Jahrhunderten fanden mehrfach Abriss- und Neubaumaßnahmen statt. Nach Plänen des Baumeisters Ferdinand Merckel wurde in den Jahren 1856 bis 1858 ein neues Pfarrhaus erbaut. Etwa 100 Jahre später, 1952/53, folgte ein weiterer Neubau, mit Gemeindesaal, Jugendräumen und einer Wohnung für die damalige Gemeindeschwester.

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